“Meu pai não queria que eu estudasse.”

Seu interesse pela natureza expressa-se logo cedo, recolhendo amostras de plantas nos seus passeios pela região, e depois separando-as, organizando-as e guardando em casa.

Ele estudou em uma tradicional escola de Meissen, a Escola do Burgo, até os 15 anos. O reitor da escola, o Professor Johann Müller, o amava como a um filho, e lecionava redação e línguas antigas. Por dificuldades financeiras, seu pai o retirou da escola algumas vezes para trabalhar e ajudar no orçamento doméstico, mas, atendendo aos insistentes pedidos dos professores, permitiu que ele voltasse a estudar, onde não lhe era mais cobrado nada. O menino Samuel tinha um excepcional talento para aprender idiomas.

Ainda enquanto estudante, aos 12 anos, o reitor o convida para lecionar grego em sua escola. Seus colegas também o tinham em alta consideração. Estudava muito e não fazia atividades físicas, o que o levava a adoecer freqüentemente.

Numa das vezes em que seu pai o retirou da escola, o enviou aos 14 anos para outra cidade, Leipzig, para trabalhar numa padaria, onde vivia como aprendiz. Por gostar muito de estudar, o rapaz fugiu da padaria e voltou para casa, onde sua mãe o escondeu por vários dias, com medo da reação de seu pai, até que ela preparou o terreno para que o pai escutasse o que Samuel tinha a dizer sobre seus sonhos de vida, ligados à ciência e à pesquisa. Gostava tanto de estudar que fez um pequeno candelabro de barro para usar à noite e poder estudar escondido. Neste setênio já lia os clássicos em grego e latim.

Hahnemann não seguiu a tradição de sua família de artistas, mas tinha um certo talento artístico. Ele enfeitava seus cadernos de estudo e suas cartas com desenhos, e tinha um senso de humor demonstrado quando assinava seu nome através de um desenho de um galo com o sufixo “-emann” (“Hahn” significa galo em alemão).