“O Reitor, Mestre Müller, amava-me como se eu fosse seu próprio filho.”

Aos 15 anos, passou a estudar na Escola do Príncipe, por um especial convite do Reitor Müller, que transferiu-se para lá e arranjou para que Hahnemann não pagasse nada. O lema da escola, escrito logo no portão de entrada era ‘Sapere Aude’ (ousa saber), e depois Hahnemann o usaria na capa do Organon, seu mais importante escrito, a partir da segunda edição. Seus professores reconheciam seu talento e dedicação, não lhe cobrando tarefas escritas ou cópias, e deixando que ele só assistisse às aulas que considerava importantes para sua formação. Ele não era interno na escola, e dormia na casa do reitor, a quem ajudava nas correções de lições.

Formou-se na Escola do Príncipe aos 20 anos, tendo apresentado uma dissertação em latim, como era costume na época, intitulada “A Maravilhosa Construção da Mão Humana”. Após sua apresentação, expressou sua gratidão à ajuda e suporte recebidos em seus anos de estudo do Reitor Müller e dos outros professores, de seus pais e de seus irmãos. Este agradecimento foi feito através de um poema que ele escreveu em francês, sendo ovacionado pelos presentes à formatura ao retirar-se do púlpito em direção às cadeiras para juntar-se aos seus pais.

Ainda aos 20 anos ingressou na Universidade de Leipzig, e daí em diante afastou-se praticamente completamente de sua casa paterna, só tendo tido oportunidade de voltar uma vez, e depois nem para as festividades. Seus anos de estudo sempre foram marcados pela dedicação de muitas horas sobre os livros e pelo trabalho paralelo para custeá-los.